Медиатека

Введение

Наука не стоит на месте: учёные по всему миру каждый день делают открытия: кто-то открывает новый вид, кто-то физический эффект, а кто-то создаёт уникальный химический метод — и всем этим открытиям, конечно, нужно дать имена.

Стремление к краткости и выразительности породило одну из самых неожиданных и, пожалуй, недооценённых проблем современной науки — чрезмерную любовь учёных к аббревиатурам.

Акронимы — относительно новое лингвистическое явление, ставшее популярным только в XX веке. В статьях по биологии и медицине их и правда встречается много, но на то есть одна весомая причина: это удобно. Зачем писать «дезоксирибонуклеиновая кислота», если куда проще сказать ДНК?

Но под этой практичностью скрывается парадокс. Количество сокращений стало таким большим, что сами исследователи забили тревогу — они отчаянно просят коллег прекратить сокращать всё подряд. В обширном исследовании в журнале eLife ¹ сообщают, что за последние 70 лет в научных статьях появилось более миллиона (!) уникальных сокращений. Чтобы понять, о чём они, достаточно взглянуть на один из изученных в статье фрагментов:

«RUN had significantly (p<0.05) greater size-adjusted CSMI and BSI than C, SWIM, and CYC; and higher size, age, and YST-adjusted CSMI and BSI than SWIM and CYC.» (2002)

Со временем изобретение новых сокращений превратилось в своего рода соревнование: цель состоит в том, чтобы найти аббревиатуру, которая была бы остроумнее и интереснее предыдущей.

Но, пожалуй, оставим спор о пользе и вреде сокращений в науке самим учёным. Ясно одно: они пока никуда не исчезнут. В прочем, это и к лучшему — среди них встречаются по-настоящему изящные и остроумные примеры, которые на протяжении десятилетий радуют новые поколения студентов и учёных-специалистов. Предлагаем вам взглянуть на некоторые из них.

Доска почёта «мокрой» биологии

ELISA Enzyme-Linked Immunosorbent Assay ²

Романтическое имя и лабораторный метод исследования, без которого сегодня трудно представить биомедицину. В основе ELISA лежит специфическая реакция антиген-антитело, с помощью которой можно определять наличие различных соединений, как правило, в крови. В русском языке, правда, чаще используется более сухой вариант «ИФА» — иммуноферментный анализ.

FISH Fluorescence in Situ Hybridization ²

Цитогенетический метод, который использует флуоресцентные зонды для выявления и локализации конкретных последовательностей ДНК или РНК в клетках, тканях или на хромосомах.

С рыбами метод, конечно, никак не связан (разве что, если ваша дипломная работа по zebrafish), но необычное название и красочные результаты точно цепляют внимание студентов.

fliFISH Fluctuation Localization Imaging-based FISH ³

Этот метод повышает точность и надёжность транскриптомного анализа отдельных клеток. В FISH может быть слишком много шума — в fliFISH используются зонды, гибридизованные с молекулой РНК, которые включаются и выключаются, создавая предсказуемые паттерны. Чем больше зондов, тем точнее сигнал.

SHREC Single-molecule High-REsolution Colocalization ⁴

Рис. 1. Мультфильм «Шрек» (2001). ⁵

В научных статьях вы можете неожиданно встретить знакомое из детства имя — Шрек. А точнее, SHREC — метод флуоресцентной микроскопии, который позволяет измерять точные внутри- и межмолекулярные расстояния (~10 нм), значительно превышающие дифракционный предел световой микроскопии (250 нм). Это полезно для изучения динамических процессов, таких как движение белков. И пусть к зелёным ограм метод отношения не имеет, название получилось слишком уж удачное.

FIONA Fluorescence Imaging Of NAnostructures ⁶

У каждого Шрека должна быть своя Фиона. Ещё один метод флуоресцентной визуализации FIONA не зря назван именно так — это тоже суперточная флуоресцентная визуализация объектов с нанометровой точностью.

COLD Cryogenic Optical Localization in 3D ⁷

Метод, позволяющий точно локализовать 3D-позиции флуоресцентных меток в биомолекулах. Название в яблочко: «cold» — «холодный», а работа ведётся при криогенных температурах (для охлаждения образцов используют криостат с температурой T = 4,3 К или −268,85 °C).

CRISPy TAKO CRISPR Turbo Accelerated KnockOut ⁸

Метод быстрого нокаута генов на основе всемирно известного CRISPR (название которого — само по себе уже забавное сокращение). Звучит как «crispy taco» — хрустящее тако. Очевидно, что в словах Turbo и Accelerated нет никакой необходимости, однако CRISPy TAKO запоминается и звучит аппетитно, а авторы названия точно веселились от души.

HOHAHA HOmonuclear HArtmann-HAhn spectroscopy и другие методы спектроскопии ⁹

Метод ЯМР-спектроскопии, который сочетает в себе методы NOESY (Nuclear Overhauser Effect SpectroscopY) и TOCSY (TOtal Correlated SpectroscopY) и хорошо дополняет COSY (COrrelated spectroscopY). Кажется, исследователи в области ЯМР-спектроскопии особенно ценят игру слов.

LIMON 3D Light MicroscOpical Nanosizing ¹⁰

Рис. 2. 3D-реконструкция двухцветного изображения Her2/neu и Her3. ¹⁰

Метод сверхразрешающей микроскопии с сочным названием, который позволяет глубоко заглянуть в клетку, давая трёхмерную картину с нанометровой точностью. LIMON активно используют, например, чтобы исследовать клетки рака груди.

Метод — серьёзный, результаты — завораживающие, акроним — свежий и со вкусом.

ChIA-PET Chromatin Interaction Analysis by Paired-End Tag Sequencing ¹¹

ChIA-PET — метод для изучения взаимодействий хроматина в геноме. А «Chia Pet» — это популярная игрушка-растение, которая «обрастает» зелёной шерстью из проросших семян чиа.

Доска почёта «сухой» биологии

TRAVA TRAnscriptome Variation Analysis ¹²

База данных профилей экспрессии генов Arabidopsis thaliana — красивого белого цветка, и по совместительству крайне популярного модельного организма. Ещё один редкий случай, когда сокращение в точку — и правда ведь, трава.

MUSCLE Multiple Sequence Comparison by Log-Expectation ¹³

Программа для множественного выравнивания аминокислотных и нуклеотидных последовательностей. Название работает идеально: чтобы справляться с массивами данных, нужна настоящая вычислительная сила.

BLAST Basic Local Alignment Search Tool ¹⁴

Рис. 3. ТВ-шоу «It’s Always Sunny in Philadelphia» (2005). ¹⁵

Пожалуй, одна из самых известных биоинформатических программ в мире. BLAST — это инструмент для поиска похожих последовательностей ДНК, РНК или белков в огромных базах данных. Название звучит так же эффектно, как работает программа.

T-COFFEE Tree-based Consistency Objective Function for Alignment Evaluation  ¹⁶

Ещё одна программа для множественного выравнивания последовательностей с бодрящим названием. Он обладает расширенными функциями для оценки качества выравнивания и некоторыми возможностями для определения наличия мотивов (Multiple OCCurrences Analysis — MOCCA). Для работы с большими объёмами данных немного кофе действительно не повредит.

Мы, конечно, не охватили всё — у науки в запасе ещё немало шедевров аббревиатурного искусства. Надеемся эта статья вдохновит вас на будущее открытие — и на идеальное имя для него. Короткое, звучное, с характером. Кто знает, вдруг именно ваше открытие станет новым словом в науке — буквально.

Литература

1. Adrian Barnett, Zoe Doubleday. Meta-Research: The growth of acronyms in the scientific literature. eLife, 2020.

2. D. Sović, B. Bertoša. Methods Acronyms — The Witty Side of Science. Kemijska industrija, 2009.

3. Yi Cui et al. Fluctuation localization imaging-based fluorescence in situ hybridization (fliFISH) for accurate detection and counting of RNA copies in single cells. Nucleic Acids Research, 2018.

4. L Stirling Churchman, James A. Spudich. Single-molecule high-resolution colocalization of single probes, 2012.

5. DreamWorks Animation.

6. Yong Wang et al. Fluorescence Imaging with One-nanometer Accuracy (FIONA), 2014.

7. Siegfried Weisenburger, et al. Cryogenic optical localization provides 3D protein structure data with Angstrom resolution. Nature Methods, 2017.

8. Sonja L Plasil et al. CRISPR Turbo Accelerated KnockOut (CRISPy TAKO) for Rapid in vivo Screening of Gene Function. Frontiers in Genome Editing, 2020.

9. J Alonso et al. Two-dimensional spectra of intact tissue: homonuclear Hartmann-Hahn spectroscopy provides increased sensitivity and information content as compared to COSY. Magnetic Resonance in Medicine, 1990.

10. R. Kaufmann, et al. Analysis of Her2/neu membrane protein clusters in different types of breast cancer cells using localization microscopy. Journal of Microscopy, 2011.

11. Guoliang Li et al. Chromatin Interaction Analysis with Paired-End Tag (ChIA-PET) sequencing technology and application. BMC Genomics, 2014.

12. https://travadb.net/.

13. https://www.drive5.com/muscle/.

14. https://hrcak.srce.hr/file/60707.

15. FX.

16. https://tcoffee.org/.